Im Gegensatz zu den meisten Mecklenburger Kirche besteht das Langhaus der Gnoiener Stadtkirche nicht aus einem oder drei Schiffen, sondern aus zweien. Auf den ersten Blick muten die Säulen mitten in der Kirche deshalb etwas sonderbar an. Warum man sich einst für diese Architektur entschied, ist nicht überliefert.

Der Chor entstand Mitte des 13. Jahrhunderts, das Langhaus folgte einige Jahrzehnte später – womöglich haben Bauverzug und ungewöhnliche Gliederung miteinander zu tun. Der etwas aus der Achse gerückte 65 Meter hohe Turm ist laut Inschrift 1445 fertiggestellt worden. 1710 überstand die Kirche als eines der weniges Gebäude einen großen Stadtbrand.

Bei Restaurierungen um 1880 wurden Gewölbemalereien aus dem 13. Jahrhundert freigelegt, die Szenen aus dem Leben Christi, das Jüngste Gericht und Heilige darstellen. Aus dem frühen 16. Jahrhundert stammt der geschnitzte Flügelaltar mit Motiven Marias, der einer Lübecker Werkstattzugeschrieben wird. Seit seiner Restaurierung 1958/59 steht er wieder an seinem ursprünglichen Platz im Chor. Sehr alte Stücke sind auch eine Glocke aus dem 13. Jahrhundert sowie der gotische Taufstein.