Um die bis dahin mittelalterlichen Schulverhältnisse zu verbessern, beschloss der Grevesmühlener Magistrat 1854 den Bau eines neuen Schulgebäudes. Das Projekt schritt rasch voran, schon im Sommer 1855 wurde die neue Schule eingeweiht. Als zweigeschossiger neugotischer Backsteinbau von zehn Achsen entsprach sie dem damaligen Typ eines modernen Schulgebäudes, wie man ihn noch immer vielfach in Mecklenburg finden kann. Als 1900 die Knabenschule (heute Fritz-Reuter-Schule) öffnete, fungierte die Schule an der Kirche zumindest zeitweilig als Mädchenschule. Am Ende des Zweiten Weltkrieges diente das Schulgebäude als Lazarett, bald jedoch wurde der Schulbetrieb wieder aufgenommen; ab 1949 unter dem Namen Namen „Geschwister Scholl Schule“. 1974 wurde die Schule aus räumlichen Gründen geschlossen und fortan für gewerbliche Zwecke genutzt, u. a. als „Haus der Dienste”.

Nach 1990 folgte eine Zeit des Leerstands, ehe das Haus aufwändig saniert und im Juni 2006 als Museums- und Vereinshaus übergeben wurde. Das Museum informiert in einer Dauerausstellung über archäologische und stadthistorische Besonderheiten sowie über die „Cap-Arcona-Katastrophe“ am 3. Mai 1945 in der Neustädter Bucht und über die entsprechende Gedenkstätte auf dem Tannenberg.