Bereits um 1260 wurde das Kröpeliner Tor erstmals schriftlich erwähnt, und schon bald war es Richtung Westen das Haupttor der Rostocker Stadtbefestigung. Aus jener Zeit erhalten sind die beiden unteren Etagen, von außen erkennbar an den Ziegeln und an den zugemauerten Wehrgangstüren auf Höhe der Stadtmauer, die einst natürlich bis an das Tor heranreichte. Um 1400 kam es zu ersten Umbauten: Man erhöhte das Tor und fügte auch in sieben Metern Höhe einen hölzernen Wehrumgang an. Als prosperierende Hansestadt versah Rostock das Tor außerdem mit vier Schaugiebeln und einem Dachreiter. Seitdem hat sich an der baulichen Gestalt kaum noch etwas verändert.

Ab dem 18. Jahrhundert verlor das Kröpeliner Tor wie auch die anderen Stadttore zunehmend seine Verteidigungsfunktion. Während viele seiner Nachbarn abgerissen wurden, blieb es jedoch bestehen und diente als Zeughaus. 1847 erhielt es einen burgartigen Vorbau, der wie auch verbliebene Teile der Stadtmauer nach 1945 abgetragen wurde.

In den 1960er-Jahren begann die Nutzung als Teil des Kulturhistorischen Museums. Zu diesem Zweck gab es im Inneren verschiedene Umbauten, etwa die Installation der Treppe. Und auch die eigentliche Tordurchfahrt wurde durch Glasflächen verschlossen – bis dahin fuhr beispielsweise die Straßenbahn hindurch! Der städtische Museumsbetrieb wurde bis 2004 aufrechterhalten, dann übernahm der Geschichtswerkstatt Rostock e. V. die Nutzung des Tores. Neben der ständigen Ausstellung "Dem Bürger zur Ehr‘ – dem Feind zu Wehr" gibt es regelmäßig Sonderausstellungen.